Terminada a 1ª Eliminatória – Zona Norte e Sul, juntam-se aos clubes isentos da 1ª Eliminatória (Zona Norte – AD Albicastrense, AD Amarante, Arsenal Canelas, Boavista FC, CP Natação, Batalha AC, CA Leça, SIR 1º Maio, AC S. Mamede, Estarreja AC, AD Portomosense, ADRE Palhaça, CD Feirense e Callidas Club e Zona Sul – NAAL Passos Manuel, Évora AC, ACR Zona Azul, Almada AC, C. Oriental Lisboa, CD Marienses, IFC Torrense e ADC Benavente) as equipas vencedoras da 1ª Eliminatória:
Zona Norte: Isave, FC Gaia, Académico FC, GC Santo Tirso, CDC Santana, Gondomar Cultural, AC Lamego, A.Ac. Coimbra
Zona Sul: CFVG Vidigueira, C. Vela Tavira, NA Samora Correia, CCR Alto Moinho e Vitória FC.
A 2ª Eliminatória disputa-se no dia 14 de Dezembro de 2008. O sorteio da 2ª Eliminatória realiza-se no dia 11 de Novembro, às 17h00, na sede da Federação.
